Các tác phẩm gồm có Quế Sơn thi tập, Yên Đổ thi tập, Bách Liêu thi văn tập, Cẩm Ngữ, cùng nhiều bài ca, hát ả đào, văn tế, câu đối truyền miệng.

Quế sơn thi tập khoảng 200 bài thơ bằng chữ Hán và 100 bài thơ bằng chữ Nôm với nhiều thể loại khác nhau. Có bài Nguyễn Khuyến viết bằng chữ Hán rồi dịch ra tiếng Việt, ví dụ: Bạn đến chơi nhà hoặc ông viết bằng chữ Việt rồi dịch sang chữ Hán. Cả hai loại đều khó để xác định vì chúng rất điêu luyện.

Trong bộ phận thơ Nôm, Nguyễn Khuyến vừa là nhà thơ trào phúng vừa là nhà thơ trữ tình, nhuỗm đậm tư tưởng Lão Trang và triết lý Đông Phương. Thơ chữ Hán của ông hầu hết là thơ trữ tình. Có thể nói cả trên hai lĩnh vực, Nguyễn Khuyến đều thành công.